疾病の早期発見、早期治療など日常生活の改善や適切な医療の実施による予防をいいます。集団検診や伝染病蔓延対策のほか、肥満などの健康障害の因子の発見などがこれに含まれます。しかし、第2次予防はすでに存在している疾病や健康障害への対応策に過ぎないという意味から、疾病の発生そのものを減少させることには繋がりません。
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